يعيش نادي الأمير البحراوي أزمة إدارية كبرى حيث ظل النادي بدون مجلس إدارة يشرف عليه بعد استقالة أعضاء المجلس منذ عام 2016 وتحديداً منذ وداع الفريق لمسابقة الدوري الممتاز التي شارك فيها لمدة عام ولم يوفق في الاستمرار فيها، وينتظر أقطاب ورموز الأمير قرار من وزير الشباب والرياضة بولاية الخرطوم لتعيين لجنة تسيير للنادي في المرحلة المقبلة.